保安宮主祀吳府三王，民國76年(1987)，初由北門鄉雙春旅居台南李家堂兄弟至南鯤鯓代天府分靈奉祀，初時奉於台南市開南街，民國77年(1988)遷移至台南市金華路一段，正式立宮開壇濟世。
其後，歷經兩年經王爺指示擇地建廟，於民國79年(1990)，遷建今廟址，於民國81年(1992)底入廟安座。