大天后宮創建於明永曆十七年（西元1663年），原為明寧靖王朱術桂的府邸。寧靖王別號一元子，所以這座府邸也稱為「一元子園亭」。清康熙二十二年（西元1683年）水師提督施琅征台，鄭軍失利，克塽乞降。依託鄭氏的寧靖王與五妃先後殉死，明室滅亡，施琅班師內渡時，鑑於台灣人民對於媽祖信仰虔誠，為收民心，乃奏請清廷將寧靖王府邸改建為媽祖廟，加封天妃為天后，廟稱「天后宮」（大天后宮又稱台南大媽祖廟），為台灣最早的官建祀典媽祖廟。