目斗福德祠確切創建年代已不可考，相關修建失記。相傳目斗嶼有石滬以來即奉祀土地公，約二百多年前。依據《臺灣總督府檔案》〈北島燈臺建設敷地取調〉記載，明治32年（1899）目斗嶼島有瓦房一座，為吉貝居民楊墻及其他13名島民的祖先於「一百五十年前」所建造，推測至少在乾隆初年，先民即於目斗嶼建造石滬，有石滬以後便奉祀土地公。
相傳福德祠早期為一寮仔形式，近代改建為硓𥑮石牆。