民國80年(1991)〈本廟碑銘〉記載：顯靈廟最早為營頭將軍之類的小廟，由菓葉東南甲許琴創建於日治時期癸酉年(1933) ，今廟內猶奉祀有將軍公神像一尊。二次戰後初期，許誅駕駛澎玉13號漁船於菓葉附近海域從事延繩釣，無意中鉤起骨骸一支，許誅乃將骨骸葬於今聖帝廟前方海岸周遭。適逢許琴降乩指示此骨骸為陳府秀才，許誅乃為其雕塑金身奉祀，極為顯赫，又號「陳靈公」，香火旺盛，有求必應，並一同參與聖帝廟活動，漸成菓葉東南甲角頭廟。此後民國60年(1971)重建、民國80年(1991)曾修建，成今貌。