確切創建年代不詳，據耆老所述約建於咸豐年間，原為收埋海漂屍的義塚，漁民祭拜許願咸認靈驗而建之。同治12年(1873)由地方仕紳洪純仁、職員蔡榮賢鳩貲重修義塚，並建萬善祠於側。光緒元年(1875)臘月，隘門鄉洪行健，獻「靈應丕昭」匾。萬善堂清代稱為萬善祠，日治時期名為萬善宮，民國40年（1951）曾重建，今日所見以萬善堂為號，係重修於民國88年(1999)，民國109年再度整修（2020）。