創設於民國85年（1996），主祀三寶佛，由會志法師召集眾多同志所建，民國86年(1997)完工落成。取大乘普渡，同登彼岸，濟助群黎，離苦得樂，普濟以之為寺名也。
開山的會志法師俗名莊令泊，原為吉貝人，受具足戒後返鄉住持觀音寺，於民國84年(1995)倡建普濟寺。目前由湛因法師主持。