據廟碑所載，開基於道光元年(1821)，原址位於吉貝國小校園內，近南側圍牆中門邊，僅6坪左右。大正10年(1921)，因國小擴建而遷移至校園外，隔一小巷道。戰後隨著居民生活日漸改善，民國49年(1960)村民發起重建，廟址遷至吉貝漁港旁，也就是現在吉貝社區活動中心東側舊址。後附近填海造陸，多了許多海埔新生地，加上香火日盛，空間漸感不足，民國75年(1986)再度重建，福德廟再度往南遷至現址，從一間「土地公宮仔」，成為今貌。