北極殿前身為民眾私建佛堂，確切創建年代不詳，後聖帝廟於此設置營頭，光緒初年演變為將軍宮，主祀李府將軍，石匠許萬山打造石製將軍公及褔德正神，。昭和11年(1936)由菓葉人陳珠豆發起重建，隔年昭和12年(1937)吉月完竣，因廟處菓葉村極北之地，而議決奉祀玄天上帝，題額「北極殿」。民國50年(1961)，旅臺信女陳呂罔留倡議重建，於民國67年（1978）完竣入火落成為今貌。