據傳民國76年（1987）某日，當時在馬公漁檢所服勤警察孔慶玉在第一漁港海堤內拾獲一落海的觀世音菩薩佛像，甚覺有緣，便將神像安置於安檢所附近奉祀，後佛祖靈應昭著，信徒日眾。民國81年（1992），漁檢所遷至案山，菩薩允隨遷至現址，並成立管理委員會，民國95年決定建寺，訂名「大關口觀音寺」，至民國100年（2011）取得現址重建入火安座。