民國62年因彰化大埔人口不斷增加,由里長章溪村先生集資募款,由慈恩寺分靈,塑佛祖金身
初使以擲筊爐主方式在宅內供奉,至民國65年章溪松及溪圳先生無償借用建寺地而展開籌備;
開始慈元寺的建築,民國67年(戊午年)十二月二十八日舉行入火安座大典
而3樓的玉皇大帝殿為民國71年加建,73年(甲子年)十月二十八入火安座