玄聖宮早期的位置屬於李增粦的父親所遺留下來的田地，原先是供奉了3顆石頭立於榕樹下的石頭伯公，而新圍庄此地的信仰也是由此開始，伯公也曾改建成碑石伯公，加了拜亭(供桌)祀奉。至於現廟中主神玄天上帝原為私人所供奉，今廟貌則為民國五十三年（1964）開始動工興建，民國五十四年（1965）興建完成。