三靈殿創建於嘉慶12年（1807年），原是主祀福德正神的土地廟，後安平關帝廟因拆廟而將關聖帝君神尊移至該廟奉祀，又增祀代天狩馬府大帝，而更名為三靈殿。本廟歷經多次修建，今廟貌為民國100年重建竣工入火安座。