清水宮主祀清水祖師，據廟碑記載，清水祖師乃源於新化那菝林祈回香火，因庇祐庄民、無不應驗，香火隨之鼎盛。昭和8年(1933)由地方雕塑祖師公金身並發起建廟，是為「清水壇」。
日治末期，戰事爆發，為免清水祖師公金身被毀，由地方人士移至大溪口草寮中供奉，至戰後，民國34年(1945)，才將金身迎同壇中。
民國76年(1987)時，因原清水壇年久殘舊，地方發起捐款重建，於民國78年(1989)完成重建，成今日之貌。