武當山廟主祀玄天上帝，創建於清康熙7年(1668)，原為玄天上帝公壇，其玄天上帝乃由先民迎奉隨鄭氏軍隊渡海來台，廟中另供奉齊天大聖爺，據傳當初齊天大聖爺為能入廟讓信眾供奉，特別化身成潑猴，百般捉弄，並託夢給廟方主事，後廟方才將大聖爺入廟與玄天上帝併祀供奉，後來更成為全台祭祀齊天大聖爺的信仰中心。
大正元年(1912)，因香火日漸興旺，遂將原玄天上帝公壇改建，並更名為武當山廟。戰後，再由信眾侯文欽等發起重建，而成今日之貌。