阿立祖廟為於七股番子塭，番子塭相傳由早期一名叫『阿海』者率平埔族族人於此開墾捕魚為生，因而得名。『阿海』後人稱為『海祖』，某年農曆九月五日不幸受災仙逝升天，後人於今廟址西北百餘公尺處，埔尾溪邊築草廟奉祀。民國二十年(1931)改建為磚造小廟，西側萬善堂則奉祀當時受災殃而亡的眾孤魂。民國六十四年(1975)廟宇遷建於今址，今廟貌為民國八十四年(1995)重建。