聖汝宮緣起開基三媽於民國50年間，屢顯靈於台南市裕農路六八一巷十號邱府宅第。邱家主人邱瑞旗君深感人神本因之道。於民國61年(1972)間雕刻三媽金身，並陸續完成大媽，二媽金尊之雕刻，供信眾膜拜，開始展開濟世救人之聖業。未久，信眾日益增多，名揚府城，神威顯赫，宮務日盛，原址不夫使用，乃於民國68年(1979)11月將宮址遷往台南市東區裕農路六九九號，後於民國八十七年(1998)於現址興建廟宇。