修禪院由開山舌淨尼師創建於民國三十七年(1948)，購台南府城東門巽方砲台改為寺院。民國四十年，增建大雄寶殿，於四十二年九月一日舉行大殿三寶佛安座開光。民國四十一年建華嚴寶塔，四十八年再建禪堂及講堂各一座多。
今廟貌為民國73年(一九八四)重建。