道光年間府城富翁吳椪舍招募將軍吳等族親來此開墾，並建草公館奉祀保生大帝，光緒4年(1878)將草寮公館重建為公厝，增祀中壇元帥、福德正神、虎爺等神尊，而後取名為朝皇堂。
民國20年(1931)建立公會堂，並發起修繕廟貌，民國40年(1951)重建公會堂，並更名為中山堂。民國61年成立海尾朝皇重建委員會興建廟宇，並於民國64年(1975)建廟完成。