清康熙五十八年(1719)由百官捐俸建鹿耳門媽祖宮，咸豐五年，台灣總鎮府邵連科與曾元福各官暨三郊公局等商賈捐資重興，同治十年，曾文溪改道，天后宮遭沖毀，「開基媽祖」神像暫祀民家，民國三十六年再重建，民國六十六年後重建，始建今貌，全名為「鹿耳門天后宮」。