麻豆之有「三元宮」乃是古蔴荳社，原住民平埔族西拉雅奉祀「尪祖公」之「尪祖祠」。前清時期漢人移駐，將天門三將軍「唐、葛、周」奉祀於尪祖祠，漢化後將尪祖祠改為「尪祖廟三元宮，奉寺尪祖公三元真君」，此廟俗稱尪祖廟，廟後則蓋了阿立祖廟。西元1779乾隆44建廟尪祖廟，主祀大尪祖周府、二尪祖葛府、三尪祖唐府三元真君。今廟貌為2001年重建。