本善寺為善行寺的別院，民國五十年善行室的納骨塔不敷使用，地方賢達人士建議，恭請觀音菩薩、南鯤鯓吳府三王爺協助指點吉地於佳里北郊北頭洋飛沙崙，南邊建大雄寶殿及淨房大寮等，東邊建蓮光寶塔於民國53年鳩工興建，民國58年落成啟用。