三清宮最初建於清末,位於茄萣崎漏南端濱海沙丘上。早期是一間茅舍小廟,由武真王千歲鎮舍,後來由武王千歲夥同兄弟顯化(俗稱三落武王)。
民國58年(1969)重建,新的宮廟奉旨命名【三清宮】。現廟貌為民國90年元月,成立重建管理委員會後重建。