賜福宮創建於乾隆二十三年(西元1785)，相傳有一艘唐山航台帆船遇風浪漂流到茄萣海案，一船員攜媽祖上岸置於沙丘上而前去如廁，後因如廁返回到處尋找不到媽祖神尊，只有悵然離去。後茄萣鄉民常於夜晚見該沙丘發出霞光，乃祈神問卜，神靈指示係媽祖要在本境顯化，於是前往迎請媽祖建廟奉祀，此沙丘後稱為「媽祖婆山」。
民國100年賜福宮展開大規模整修，廟中神像目前暫遷移至行館內。