據〈澎湖文澳三宮廟歷史沿革〉記載： 地方耆老皆云，當年一艘停靠在名為「虎頭西」的岸邊的帆船，船上恭奉有清水祖師像，後來社内瘟疫橫行，於是清水祖師顯靈化身為和尚，上岸派藥治病卻不取回報，百姓跟隨其後返回船上欲答謝．卻僅見神像不見和尚蹤影，這是祖師爺最早的傳說。